วันหนึ่ง “แอนดอร์เจเนซิส” ป้อมปราการลอยฟ้าขนาดยักษ์จากเกม "XEVIOUS" (เซวิอุส) ที่เคยโด่งดังในยุค 1980 จากโลกเกมมาปรากฏในโลกจริง และโจมตีใส่ทุกพื้นที่บนโลก เนื่องจากมีใครบางคนทำให้เกม "มหาสงครามซูเปอร์ฮีโร่" เชื่อมต่อกับโลกจริง เมื่อรู้ดังนั้น พวกเอมุ หรือ มาสค์ไรเดอร์ เอ็กเซด จึงต้องเข้าไปในเกมเพื่อชักชวนให้เหล่าฮีโร่ 100 คน มาร่วมกันต่อสู้ปกป้องโลก อภิมหาศึกครั้งใหญ่แบบซูเปอร์เอ็กซ์คลูซีฟกำลังจะอุบัติขึ้นแล้วใน “มาสค์ไรเดอร์ ปะทะ ซูเปอร์เซนไต อภิมหาศึกรวมพลซูเปอร์ฮีโร่”