ปี C.E.70 หลังจากโศกนาฎกรรมวาเลนไทน์เลือด สงครามระหว่างเนเญอรอล กับโคออดิเนเจอร์ ดำเนินต่อเนื่องมาอีก 11 เดือนโดยกองกำลังโลกเป็นฝ่ายเพลี่ยงพล้ำแม้จะมีกองกำลังเหนือกว่าก็ตามที แต่จุดพลิกผันเกิดขึ้นที่ "เฮลิโอโปลิส" โคโลนีของประเทศเป็นกลางออร์บ เมื่อ MS ของกองทัพโลก 5 เครื่องที่ถูกซ่อนไว้ที่นั่นถูกพบโดย Z.A.F.T 4 ใน 5 เครื่องถูกชิงไปเหลือ "สไตรค์กันกั้ม" ที่บังคับโดยพลเรือนหนุ่ม "คิระ ยามาโตะ" เพียงเครื่องเดียว คิระ ผู้เป็นโคออดิเนเตอร์ กลับมาอยู่ฝ่ายเดียวกับเนเญอรอล แล้วเขาจะตัดสินใจสู้กับอัสรัน ซาล่า เพื่อนรักและพวกพ้องร่วมเผ่าพันธุ์ได้อย่างนั้นหรือ?