同名OVAの単発の続編。今作では敵が『グレートマジンガー』のミケーネ帝国となり、スケールアップ。もちろんダイナミックな戦闘は健在だ。ドクターヘルとの戦いが終わり、ようやく到来した平和。しかし、太古から暗黒大将軍率いるミケーネ帝国が復活し、世界は再び危機に陥る。これを迎え撃つグレートマジンガーとマジンガー軍団であったが、強力なミケーネの戦闘獣と七大将軍の猛攻に次第に追い詰められていく……。頼みのマジンカイザーはオーバーホール中。その操縦者の兜甲児もまた、次々と送り込まれてくるミケーネの刺客に手を焼いていた。果たして甲児はマジンカイザーに乗り込み、逆転のチャンスを掴めるのだろうか？