Η γνωστή και μη εξαιρετέα παλιοπαρέα του Ζωολογικού Κήπου, που λατρεύουν μικροί και μεγάλοι, αγωνίζεται και σε αυτήν την ταινία, προκειμένου να φτάσει… (πού αλλού;) στη Νέα Υόρκη!!! Ο Άλεξ το λιοντάρι, ο Μάρτι η ζέβρα, ο Μέλμαν η καμηλοπάρδαλη και η Γκλόρια ο ιπποπόταμος ακόμα προσπαθούν να επιστρέψουν στο σπίτι τους και φυσικά, από την τρίτη αυτή απόπειρά τους, δεν θα μπορούσαν να λείπουν τα λεμούρια, ο Βασιλιάς Τζούλιαν, ο Μορίς και οι ανεκδιήγητοι, αλλά τρισχαριτωμένοι, τζέιμς μποντικού ύφους Πιγκουίνοι!!! Έτσι, όλοι μαζί ταξιδεύουν ανά την Ευρώπη, έχοντας βρει και την τέλεια κάλυψη,: ένα τσίρκο σε περιοδεία το οποίο, μάλιστα, οι φίλοι μας φτιάχνουν στα μέτρα τους, δηλαδή σε στιλ Μαδαγασκάρης! Στο κατόπι τους βρίσκεται η δαιμόνια αστυνομικός Σαντέλ Ντι Μπουά που τους καταδιώκει, ελπίζοντας να εμπλουτίσει τη συλλογή της και με ένα κεφάλι λιονταριού!